医院科室特色突出，设有生殖医学科、不孕门诊、妇产科、计划生育科、中医科、保胎中心、外科、内科、急诊医学科、麻醉科、病理科、预防保健科、中医康复中心、医学影像、医学检验中心、储血室等临床及医技科室。医院腔镜微创中心（宫腹腔镜）以98%手术成功率、40%以上妊娠率闻名东北；保胎中心独到的中西医结合治疗屡创保胎奇迹，是复发性流产和先兆流产患者的守护神；“试管婴儿”技术起点高、成功率高（每个取卵周期临床妊娠率达60%以上），海内外患者慕名而至，每年数千人从这里孕育喜归。

医院为创建百年老院，秉承“助孕生命，传承九州”的兴院理念，坚持“严谨、求实、团结、创新”的九州精神，以“人才立院、科技兴院、创新强院”为办院方略，以精湛的技术、合理的价格、优雅的环境、人性化的服务，为孕育带来曙光，赢得了政府肯定，同行敬慕，患者信赖，社会好评。沈阳九州医院现已成为辽宁九州不孕不育研究院临床基地、中美国际生殖医学（试管婴儿）合作基地、辽宁省计划生育协会“生育关怀•圆梦九州”助孕工程项目基地、中国医科大学德育实践基地、沈阳医学院教学医院，成功实现了集临床诊疗、科研、教学为一体的品牌医院。